O ingresso no programa de doutorado ocorre todos os anos mediante edital de seleção. O processo seletivo se dá pela avaliação de um projeto de pesquisa submetido pelo candidato, defesa desse projeto para uma banca e avaliação de currículo. O processo seletivo é semestral na maioria das instituições integrantes da rede, com exceção da UFRN, UNIT, UFPE E UFES, que adota seleção por fluxo contínuo.